Sejerø Skole blev indviet den 13. august 1973 i forbindelse med, at øens oprindelige tre skoler blev samlet til én fælles skole for alle øens skolebørn, som på det tidspunkt var på ca. 60 elever.

I 2009 blev Sejerø Børnehus, som på det tidspunkt var placeret ude på lejrskolen, lagt sammen med Sejerø Skole, og året efter kom også øens sidste dagplejemor op på skolens matrikel, således at alle øens børn i dag er samlet under fælles tag.

I forbindelse med sammenlægningen af skolen og børnehuset blev skolen udbygget og renoveret, så lokalerne i dag fremstår tidssvarende og moderne.

Sejerø Skole og Børnehus har gennem de seneste år satset meget på den digitale udvikling, hvilket har betydet, at der er interaktive tavler i alle klasseværelser, og at alle skolens elever har adgang til en bærbar PC og iPad.

Den digitale satsning har endvidere betydet, at skolen gennem i 2010 valgte at deltage i et fjernundervisningsprojekt med bl.a. Anholt Skole, hvor undervisningen er perioder sker på tværs er de deltagende skoler ved hjælp af videokonferenceudstyr, som er opsat i det ene klasselokale. Så selvom Sejerø Skole til hverdag ikke har så mange elever i klasserne, så oplever eleverne i perioder, det at arbejde med flere og andre elever.

Eleverne på Sejerø Skole er opdelt i to grupper, børnehaveklasse – 3. klasse samt 4. - 7. klasse. Den yngste gruppe har to-lærerordning i alle dansk- og matematiktimer.

Efter 7. klasse tager øens elever på efterskole. I de seneste år har størstedelen af eleverne valgt at tage på Samsø Efterskole, som vi har et rigtig godt samarbejde med.

Sejerø Børnehus har gennem de seneste år fået tildelt det ”grønne flag” fra Friluftsrådet, som tegn på at de arbejder naturen ind i den pædagogiske dagligdag.

Sejerø Børnehus og skolens SFO samarbejder meget i dagligdagen, så alle børn oplever at være del af et fællesskab.